但即便如此，长大后的朱翊钧也遗传了祖父的很多秉性，比如在位时间很长，并且常年不上朝。在朱翊钧4岁那年，明世宗朱厚熜驾崩，裕王朱载垕即位，史称明穆宗。由于朱翊钧前面的兄长夭折，因而朱翊钧顺理成章地被立为了皇太子。

明穆宗在位6年后驾崩，年仅10岁的皇太子朱翊钧登基，改年号万历，由此开始了他的统治。

由于皇帝年纪太小，无法独立处理朝政，因而内阁大学士与司礼监太监的职权就变得格外重要。大学士张居正便联合太监冯保一起对抗当时的首辅高拱。

冯保仗着自己深受李太后与小皇帝的宠幸，在李太后面前进谗言说高拱对皇帝不敬，密谋拥立藩王，还在内阁发牢骚。

李太后和小皇帝当即就下旨把高拱赶出了京城。张居正升任首辅之后，靠着李太后的信任和冯保的支持，推行了一系列的改革措施，重用戚继光等名将整顿边防，平定叛乱，清丈土地，推广一条鞭法，使得年幼的万历皇帝对张先生非常敬重。

然而随着年龄的增长，万历开始对张居正的权威产生不满。1582年，张居正病重，万历特别下旨加封张居正为太师。9日后张居正病逝，终年58岁。

御史言官们早就对张居正的强势专横非常不满，如今张居正去世，这些人就纷纷上书弹劾张居正，把张居正说成祸乱朝政、大逆不道之人。

而万历则照单全收，他下旨将张居正抄家，前去抄家的锦衣卫不仅没收了张家的全部家产，还逼死了张居正的长子。事情闹大以后，万历才连忙叫停。

没有了张居正的掣肘，万历觉得自己可以无所顾忌地行使权力了，但是他万万没想到的是言官们不仅敢骂死去的张居正，也敢直接向皇帝开炮。

在张居正去世后不久，万历有了自己的嫡长子。万历派李如松统领4万大军入朝作战，在平壤之战中取得大捷，以死伤不到千人的代价击溃了上万日军，小西行长仓皇逃窜，明军顺利收复了朝鲜的多个城池。

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之后一路南下乘胜追击，在汉城以北的碧蹄馆与日军遭遇，双方激战一日，死伤惨重。由于粮草供应不足，朝鲜国内未流行战争陷入了僵局，中日两方开始议和谈判。

正当两方议和使臣互相坑蒙拐骗的时候，明朝的播州又发生了叛乱，杨应龙起兵造反，由于明军准备不足，被叛军打得节节败退。朱常洛是由恭妃王氏所生，按照明朝立嫡立长的规则，如果万历没生儿子，那么朱常洛就会是下一任太子。

然而正因为这个皇长子的身份让朱翊钧、朱常洛、王氏三人都无比的痛苦。原来王恭妃本是李太后身边的宫女，有一次万历在向母后请安时临幸了王氏，不久后她就发现自己怀孕了，在母亲的要求下，万历才不情不愿地册封王氏为宫妃。

1586年，郑妃生下了皇三子朱常洵。李太后大喜，这回更是彻底地把王恭妃母子忘在了脑后，对言官们不依不饶地让自己早立太子，万历非常反感，索性就不上朝了。其实这在明朝也不是什么新鲜事，万历的爷爷朱厚熜就曾20多年不上朝，但是百官提交上去的奏章都能得到及时的批复处理。

而万历的不上朝则是连奏章都不批，京城地方提交的奏章都如泥牛入海一般杳无回音。虽然有不少是催促立太子的长篇大论，但也不乏事关国计民生的重要意见。

在皇权极度专制的明朝，皇帝如果不管，那么带来的后果将会是灾难性的，因而后世才有评价说明朝实则亡于万历。