另一位辅政大臣苏克萨哈主动表示辞职，然而还没等皇帝表态，鳌拜就给苏克萨哈捏造出了一大串罪名，给他判了个死罪。康熙坚决反对，但是鳌拜一意孤行，最终还是处死了苏克萨哈。自此以后，鳌拜的气焰更盛，使得康熙对他十分恼火。

君臣二人明争暗斗，互不相让。为了扳倒鳌拜，康熙在宫中训练侍卫，做布库之戏，掩人耳目。1669年，康熙智擒鳌拜，让侍卫们当场拿下鳌拜，随后列出鳌拜30条大罪，铲除了鳌拜的党羽，彻底将朝政大权握于己手。

在铲除鳌拜之后，康熙下令整顿吏治，停止圈地，恢复内阁翰林院，禁止买良民为奴。但是很快康熙就要面对自己亲政以来最大的危机——三藩。

所谓的三藩指的是平南王尚可喜、靖南王耿精忠、平西王吴三桂，他们分别镇守于福建、广东、云南，其中以吴三桂实力最强、功劳最大。为了笼络吴三桂，清朝还将皇太极的小女儿嫁给了吴三桂的儿子吴应熊。

1673年，平南王尚可喜因为与儿子不合自行返回辽东，康熙借机要求其撤藩。不久，吴三桂和耿精忠也请求撤藩，这自然也是在试探清廷。

康熙认为吴三桂迟早都会造反，于是就下旨让吴三桂与耿精忠撤藩。使者前去接收时，吴三桂果然起兵造反，自称周王，耿精忠也起兵响应，迅速席卷了云贵、湖广等地。

康熙被打了个措手不及，然而这时的吴三桂已经年老，虽然兵锋正盛，但是却迟疑不前。

康熙下旨毒死了尚之信，派出数路大军反击吴三桂，陆续收回了失地。1677年，尚之信投降清朝，吴三桂穷途末路，在次年称帝登基，不久就暴病而亡，其孙吴世璠兵败自尽，而尚之信、耿精忠等人也相继被清廷处死。三藩之乱平定。

在三藩之乱彻底平定后，水师总督施琅率领2万水师、300艘战船出征台湾，在澎湖之战中歼灭了明郑军队的精锐。郑成功之孙郑克塽投降，台湾平定。清朝在台湾设立了一府三县，将台湾纳入中央王朝的管辖之内。

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在平定台湾的同时，康熙也没忘记在清朝的北面还有一个强大而可怕的邻居——俄罗斯。自17世纪以来，沙皇国俄不断向东扩张，蚕食着龙黑江流域，并且建立了城市据点。

1680年，康熙帝驱逐沙俄侵略者，将俄国人建立的据点焚毁，仅剩雅克萨一座孤城。但是俄国人出尔反尔，依旧在当地劫掠，被清军赶跑。

两年后，沙俄卷土重来，康熙派兵包围雅克萨。远在科莫斯的摄政索菲亚下令撤军，在1689年与清朝划定边界，签订了《尼布楚条约》。

在解决了沙俄的威胁之后，准格尔部的势力也日渐强盛起来。准格尔首领噶尔丹统一了漠北喀尔喀蒙古，喀尔喀三部向康熙求援。

噶尔丹率军追杀到漠南，康熙亲率两路大军征讨噶尔丹。噶尔丹大败，逃回了老家。1695年，噶尔丹卷土重来，再次进攻喀尔喀。

康熙出兵10万，分三路进攻噶尔丹，噶尔丹之兄与清廷合作，噶尔丹腹背受敌。次年，噶尔丹暴病而亡。

在康熙第一次亲征噶尔丹归城时，康熙突然生病，太子胤礽侍疾，皇太子接父皇生病，毫无忧色，导致康熙非常不满，埋下了日后九子夺嫡的祸根。

所谓九子夺嫡指的是大阿哥胤禔、二阿哥胤礽、三阿哥胤祉、四阿哥胤禛、八阿哥胤禩、九阿哥胤禟、十二阿哥胤祹、十三阿哥胤祥、十四阿哥胤禵为争夺储君之位而进行了激烈的政治斗争。

清朝自立国以来，每一任君主去世都没有直接指定继承人，而是由王公贵族推举。康熙亲政以后就想效仿汉人制度，立皇后赫舍里氏所生的胤礽为皇太子。

但是随着胤礽的日渐长大，他与康熙的关系也日渐紧张起来。1698年，康熙册封大阿哥胤禔等人，并让他们参与管理国家政务，这让皇太子胤礽深感威胁。