海瑞上任后，接到村民联名诉状，立刻着手调查。他亲自查阅历年地契档案，走访相关证人，经过一个多月的深入查证，掌握了确凿证据，最终归还所侵占的土地给村民，并对其处以重罚。

也有凭借家族势力，强行霸占了村民五户的六十余亩良田。海瑞知晓后，不畏吴某家族的威胁，坚决依法处置，成功为村民讨回公道。

海瑞有效地遏制了当地豪强兼并土地的恶行，保障了百姓的土地权益。除此外，赋税方面进行了深入改革。

当地商户店铺被错误地按照过高的税率征收赋税，导致商家经营困难。海瑞仔细核对账目和税收规定后，不仅责令退还多征的赋税，还对负责征税的吏员进行了严厉批评和警告。

此外，海瑞还查处了绸缎庄老板被额外摊派的不合理赋税。经过仔细核算，海瑞要求退还多征的款项，并对违规摊派的相关责任人进行了惩处。

米行老板也有这现象，被县衙以临时加征的名义收取了大量赋税。海瑞查证后，不仅让县衙退还了多收的部分，还制定了规范的赋税征收流程，防止类似情况再次发生。保障了商户的合法权益，规范了当地的赋税征收秩序。

水利工程灌溉水渠因年久失修多处坍塌，海瑞组织村民进行修复。在材料短缺的情况下，他想出办法，带领村民用附近的竹木替代石料，保障了农田灌溉。

在各个乡镇设立社学，并聘请有学问的先生任教。海瑞还亲自从自己的俸禄中拿出钱来购买书籍，分发给学生，鼓励他们努力学习。改善了当地教育资源匮乏，很多孩子无法接受教育情况。

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海瑞立志做一个不谋取私利、不谄媚权贵、刚直不阿的好官。他的代表作品有《治安疏》等。

嘉靖四十五年（1566 年），海瑞向明世宗朱厚熜呈上了着名的《治安疏》。

当时，明世宗朱厚熜沉迷于道教，追求长生不老之术，终日不理朝政，大兴土木修建道观，耗费大量人力物力财力。他还宠信严嵩等奸臣，致使朝政腐败，民不聊生。

海瑞深知国家危在旦夕，怀着对国家和百姓的忠诚与责任感，冒死写下《治安疏》。在疏中，海瑞直言不讳地指出世宗迷信巫术是荒唐之举，批评其生活极度奢华，挥霍无度，并且严厉谴责他长期不理朝政，致使国家陷入混乱。

世宗看到这篇奏疏后，龙颜大怒，认为海瑞竟敢如此冒犯天威，当即下令将海瑞逮捕下狱，欲将其处死。

幸好当时内阁首辅徐阶等一些正直的大臣极力为海瑞求情担保，世宗这才暂时饶过海瑞一命。海瑞就这样被关押在狱中10个月。

嘉靖四十五年十二月，世宗驾崩后，新帝即位，海瑞得以获释出狱。官复原职。被提拔为大理寺丞、南京通政司右通政等职。此时的海瑞53 岁左右。

此后，海瑞历任南京都察院右佥都御史、南京吏部右侍郎等职。