随着法兰西与帝国之间再次爆发战争，法国入侵了当时由热那亚圣乔治银行管理的科西嘉岛。

多里亚再次被召集，他在岛上与法国人交战了两年（1553-1555），战局起伏不定。

1555年，他正式返回热那亚，因年事已高、身体虚弱，他将舰队指挥权交给了他的曾侄孙乔瓦尼·安德烈亚·多里亚，后者是吉安内蒂诺·多里亚的儿子。

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他组织了一次对特里波利的远征，但结果比他曾经在阿尔及尔的经历还要失败，最终在与皮亚莱·帕夏和德拉古特的土耳其舰队的杰尔巴战役中险些丧命。

安德烈亚·多里亚将他的遗产留给了乔瓦尼·安德烈亚。

多里亚·潘菲利·兰迪家族是乔瓦尼·安德烈亚·多里亚的后裔，并承袭了他的梅尔菲王子头衔。

一直到1560 年 11 月 25 日，这位热那亚海上强者才去世，他活了95岁。

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从1528年直到去世，多里亚在热那亚共和国的决策中发挥了主导作用，被视为当时欧洲首屈一指的海军领袖。

他被神圣罗马皇帝查理五世任命为大海军上将，利用这一职位既保护了热那亚的独立，又巩固了自己对这座城市的控制。

他还通过自己拥有的船只担任私掠者，以增加财富。

他的舰队帮助确保了西班牙与意大利之间的帝国海上航线，尽管在对抗显着威胁的奥斯曼海军方面成效不一。

作为热那亚的统治者，多里亚对共和国的宪法进行了改革。

他对热那亚共和国的宪法改革一直持续到1797年共和国结束。

为了纪念这位海军上将，几艘船只以他的名字命名，其中最着名的是意大利客轮安德烈亚·多里亚号（SS Andrea Doria），于1951年下水，1956年因碰撞沉没。