主角出现在奇怪的世界，开局出现怪兽，他用进化仪变成卡利欧奥特曼，并得知目前在光之国所在的宇宙。

主角被赛文带回光之国，在和赛罗的切磋中获胜，接着去宇宙巡逻，遇到了异常，降临地球，这里是高斯世界。

主角被小武藏发现，并带回家，接着又遇到一样误入这个宇宙的巴尔吉星人。

武藏唤醒了高斯，巴尔坦星人和高斯展开对战，巴尔坦星人战败自爆，主角变成雷欧将其复活，并劝其在宇宙中寻找新的家乡。

主角解锁雷欧和迪迦的能量，回归光之国，随后前往地球，途中追击百慕拉，进入时空波动，到了梦比优斯世界。

主角自称是天谷一辉，是木之美的哥哥，接着加入GUYS，在地球上只能变身成卡利欧。

剑被黑暗气息感染，直接暴走，斩杀博伽茹，接着和梦比优斯交手。

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主角变身卡利欧，和相原龙一起融合，联手梦比优斯一起对抗剑，觉醒了新的形态，并且将剑从铠甲中解救出来。

主角暂时离开GUYS，在神户见到了奥特兄弟，系统升级完成，多了个储存空间。

主角离开地球，在宇宙中进行修行，几个月后回归地球。

主角成为神宫寺彩的助手，接着宇宙人出现，并唤醒了被封印的亚波人怨念，终极超兽萨乌鲁斯登场。

奥特兄弟登场，主角进入超频状态，与亚波人激斗，随后佐菲和泰罗登场，给予众人能量，众人联手消灭了亚波人。

主角发现异常气息，进行时空穿梭，进入赛文奥特曼X时空，身份是特工X。

主角开始一边做任务，一边调查，接着虫出现了，主角陷入虫海，最后超频释放光线，将其消灭。

扎基出现，主角再次进入超频，释放全部能量，暂时击退扎基，随后进入遗迹。

主角进入奈克瑟斯世界，身份是孤门一辉，这次是类似于一心同体，进化仪没有反应，相关记忆被抹除了。

主角开局做了体检，接着被调入TLT，加入夜袭队，并接触到异生兽以及奈克瑟斯。

主角接触到石之翼，看到了一些准的记忆，并且使得进化仪慢慢恢复。

黑暗的游戏开始，主角或者说孤门陷入一场阴谋，莉子失踪，最后主角找到并将重伤的莉子收到系统空间。

主角身份暴露，离开了夜袭队，随后战斗中为了保护他人，导致昏迷后被抓。

主角吸收了大量能量，逃出了实验室，接着到达了临终之地，准将光传承给主角，主角变身奈克瑟斯，击败了沟吕木。

主角离开了孤门的身体，前往一个平行世界，遇到了扎基，于是主角再次变成奈克瑟斯，与扎基交手。

主角进入超频，导致身体承受不住，关键时候奇迹出现。

主角进化成诺亚，和扎基战斗，最后将其消灭，吞噬了黑暗力量。

主角回归了最初的世界，和步美一起待了一段时间，随后继续前往新的时空，到达奥特曼八兄弟剧场版世界。

主角告诉大古真相，并融入这个世界，梦比优斯并没有出现，主角只能独自战斗。

主角体内黑暗暴动，和怪兽战斗结束后，被希波利特星人变成石像。

大古重新变成迪迦，接着梦比优斯被传送过来，主角吸收了影法师，配合八位奥特曼消灭了怪兽。

主角又回到梦比优斯世界，见到了奥特之王并接受了特训。

特训一段时间后，感觉安培拉星人的气息，主角结束了特训，奥特之王赠送格斗气息给主角。

主角击杀了两位黑暗天王，接着与安培拉星人交手，主角落败后，黑暗力量浮现，导致直接失控变成黑暗卡利欧，吸收了大量安培拉星人的黑暗。

主角又去戴拿时空，在星光战士剧场版剧情里变成迪迦，和戴拿一起消灭怪兽。

主角去道场帮忙，收徒古雷格尔，随后调查黑暗道场，未知的敌人出现，卡欧斯戴拿也出现了。

小舞决定结婚，主角参加婚礼，卡欧斯戴拿出现，主角进行战斗，最后小舞被抓走。

主角前往高斯世界，和武藏再次重逢，并和被控制的日冕高斯交手，随后主角战败。

高斯将光赠与主角，主角和武藏一起变成月神高斯，接着发现小舞融合了日冕高斯，并与主角交手数次。

卡欧斯病毒吞噬了日冕，内山操控了高斯，卡欧斯融合体出现，主角和武藏竭尽全力战斗，获得新的力量，可以变成日冕高斯。

主角与卡欧斯融合体战斗，日蚀形态登场，最终主角消灭了内山，救下了小舞，不过小舞却失去了记忆。

斯菲亚母体出现，主角回到戴拿时空，接着和神秘的黑衣人出现，并变成戴拿和主角交手。

黑衣人再次融合了高斯和卡欧斯的能量，变成一个新的巨人，接着双方进入到斯菲亚中心，主角将飞鸟送出黑洞，随后和巨人掉入扭曲的时空隧道。

主角到达盖亚时空，不过这次是剧场版的世界，而且变成小孩，接着发现黑衣人用红球许愿，得到安培拉星人力量的卡片，变成新的巨人。

主角变身卡利欧，又融合迪迦和高斯的力量，击败了巨人，并吸收了他的格斗仪，和盖亚一起消灭了怪兽。

主角前往光之国时空，系统升级，新功能可以融合其他奥特曼的力量，接着主角伪装成雷奥尼克斯，进入盘龙号。

雷布郎多星人操控暗黑铠甲，主角赶紧使用迪迦和卡蜜拉的力量，双方进行激战，接着在雷和格朗迪帮助下，击败了雷布郎多星人。

主角追逐着能量源进入时空乱流，消灭了雷布郎多星人，将能量源收入格斗仪中，又来到了怪兽墓场，看到了贝利亚。

主角在冰封的光之国和赛文等人会和，接着和贝利亚展开格斗，后面赛罗及时赶到，击败了贝利亚。

贝利亚将怪兽全部融合，变成百体怪兽贝琉多拉，奥特曼联手却被重创，主角使用雷布郎多星人的卡片加上等离子火花的力量，操控怪兽，联手赛罗将其击败。

小主，

光之国恢复如初，主角前往麦克斯时空，一来里看到了叶腐，并与叶腐激战，最后战败。

主角使用三位奥特曼的力量，将叶腐击败，并用治愈光线将叶腐驱逐，并获得了能量源。

主角回到光之国时空，在宇宙中游荡，并进入超银河外传的故事，击败了独眼赛罗，随后去寻找赛罗。

菲罗出现，占据了独眼赛罗的身体，并表示他的目标就是抹除主角，接着主角和赛罗联手迎战，最后主角超融合才将其消灭。

主角回到雷欧时空，不料却遭遇伏击，机械扎基出现并对主角下手，步美驾驶战机战斗却被击落，步美不知所踪。

主角体内的黑暗失控，变成黑暗巨人，与扎基激战，最后将其消灭，东京毁灭。

主角回到光之国，找到了奥特之王，得知真相要去其他宇宙寻找，并在奥特之王帮助下前往其他宇宙。

主角到达贝利统治的宇宙，进入了贝利亚银河帝国世界，在贝利亚军团中看到了机械扎基，并开始战斗，最后超融合变成无翼诺亚，将其消灭。

主角跟随赛罗等人到达地下神殿，得到了能量源，接着众人前往贝利亚老巢，展开决战。

菲罗找到主角，并和主角决斗，最终被主角击杀，接着主角再次超融合，变成诺亚。

这时，众人心里的光转化为巴拉吉之盾，诺亚借助主角的手将巴拉吉之盾交给赛罗，最终贝利亚被消灭。

主角和赛罗一起前往未知宇宙，在神殿里见到了和步美共生的波利多安，接着诺亚一族的王出现了，双方交战。

王吸收了所有机械扎基的力量，出现了机械的诺亚之翼，主角选择独自断后，让赛罗带着波利多安先走。

主角解放体内所有力量，奈克瑟斯的力量也从天而降，光与暗的力量聚集一起，进行究极超融合。

主角展开了诺亚之翼，二人进行决战，最终主角将黑暗诺亚消灭，因为两人的战斗导致超新星爆炸，宇宙崩毁。

主角用尽力量进入黑洞，到达盖亚时空，这时的主角失去了格斗仪和变身的力量。

主角见证了我梦变成盖亚，接着找回了格斗仪，并发现每次怪兽出现后都有天空之光找上自己，对自己进行补给。

主角准备消灭天界机械体，遭遇阿古茹阻止，一拳将其击退，随后消灭天界。

主角发现不断的参与战斗，就可以获得星球的认可，进行修复系统。

主角发现自己突破限制，融合了迪迦的光之力，接着处理完壬龙事件后，激活了高斯的光之力。

主角又激活了戴拿的光之力，接着和我梦还有藤宫一起变身，联手将反物质怪兽消灭。

主角融合了雷欧之光，阿古茹进化到V2，接着系统启动，主角得知能量源和其他物体都是进化仪破碎的一小部分。

巨兽佐利姆出现，主角和盖亚以及阿古茹一起联手将其消灭，虫洞开启，主角穿梭时空，回到光之国。

主角留在光之国修行，在等离子火花下恢复着身体，赛罗等人遇到一颗钢铁星球，主角决定前去帮忙。

主角成为终极赛罗警备队的名誉队长，接着发现盖亚时空出现危机，时空被封锁，求助奥特之王，随后以高斯的力量单独出现在盖亚时空。

主角以精神体形式出现，随后独身在凯瑟琳身上，回到了东京，和我梦交换了情报。

主角发现敌人是新的光之生命体，接着见到了颓废的藤宫，随后身份暴露，脱离凯瑟琳。

主角阻止了各地对怪兽的毁灭计划，接着主角以奥特曼的身份和石室指挥官等人见面，随后大量破灭魔虫来自，阿古茹被控制，击杀了不少地球怪兽。

主角和光之生命体操控的阿古茹战斗，将其击败，破坏了虫洞，救下了藤宫。

地球怪兽纷纷出现，与破灭魔虫战斗，紧接着破灭天使佐格出现，主角鼓舞着大家不要放弃，随后因为能量不足被迫离开盖亚时空。

希望之光穿梭时空，传递给主角，主角终于可以再次降临，以诺亚的形态降临盖亚时空。

主角和盖亚以及阿古茹一起消灭了佐格还有破灭魔虫，接着和超罗交手，将其消灭，回收了新的碎片。

主角进入高斯时空，时间点是最终圣战，主角寻找着能量源，加入了这场战斗。

主角消灭了千兆恩多拉，德拉西翁出现，雷杰多也出现了，接着主角回收了能量源，回到光之国。

主角和佐菲一起参加宇宙联邦大会，接着参加第一届宇宙格斗大赛，在决赛中遇到了EX杰顿，王的怨恨附身在其中。

主角和王再次交手，这次再次将王消灭，并得知曾经的格斗仪主人1号即将复活。

主角进行特训，黑暗危机来临，宙达和古兰特王复活，并入侵光之国，后被出关的主角击败。

奥特之王失踪，主角前往其他宇宙寻找，发现进入奥特曼传奇时空，随后赛罗和步美也过来了。

主角找到了陷入昏迷小舞，海帕杰顿登场，不过很快就被主角击败，黑暗觉醒，主角联合众人力量，与黑暗奥特之王战斗。

小主，

众人不敌，主角再次究极超融合，变成诺亚，与1号操控的奥特之王进行死斗。

主角在众人的鼓舞下战胜了1号，吸收了最后一份能量源，进化仪补全，随后告知主角进化仪时空，黑暗之王的意识将占据主角的身体。

黑暗不断影响所有和主角有交集的宇宙，主角融合吸收所有有交集宇宙的光之力，光与暗交集，主角失去了意识。

主角发现回到现实世界，发现失去了所有的能力，只有步美送给自己的护身符还在身上。

神秘的陨石降落，主角遭遇变异人类的袭击，接着将其制服，成为了英雄。

进化的变异人出现，击退了主角，导致大量的负能量实体成怪兽。

主角一拳击杀了怪人，并共鸣了大家心里的光，变成了雷欧，随后不断的战斗，消灭了所有负能量怪兽。

主角开启了最终进化，进化仪消失了，传说印记出现，这是进化的最终阶段，001变成了零号。

主角再次穿梭时空，来到银河时空，借助银河火花变身，前往光之国，发现不是自己寻找的目标，随后再次变成银河，击败了路基艾尔。

主角归还了银河火花，接着留了下来，并发现自己和银河有了某种关联，印记也有所反应，零号开启了印记空间。

主角使用银河火花变身加入了几次战斗，并发现羁绊的力量可以给予印记力量，接着银河的意识也觉醒了。

主角目前无法变身，只能借助火花人偶，并且使用印记空间的力量，击败了路基艾尔，得到扎基的人偶。

路基艾尔终于复活，主角使用银河火花，与礼堂光一起变成银河，最后消灭了路基艾尔。

主角通过卡片，传送到泰罗时空，见到泰罗消灭了怪兽就被踢出去了，接着又仿造银河火花，打完了印记火花，可以变成扎基。

主角回到泰罗时空前遭到警告，这次帮助泰罗消灭了怪兽，随后再次进入，这次剧情是大海龟怪兽。

主角通过零号，得知在泰罗时空消灭怪兽，可以得到超次元能量，接着就这样过去了两年。

时间线到达银河S，主角遭遇神秘人袭击，随后发现变身后，实力会收到压制和排斥。

主角加入UPG，成为预备队员，新的银袍人出现，随后又成为正式队员。

五帝王出现，并击败了银河和维克特利，主角动用印记卡片的力量解除限制，将其击杀。

神秘人冒充主角，击杀了谢帕顿，接着翔变成维克特利与主角交战，因为翔的原因，导致印记暂时不能吸收能量。