尚书省的主要职责是处理各种政务，中书省则是根据尚书省上报的政务起草各种需要下发的公文、诏书和政令，黄门省的主要职责则是审核以及下达。

三省下面则是各个部门。

户部：下面有税厅（厘定和征收赋税）、国土厅（清查土地）、口众厅（清查人口）、度支厅（制定财政支出计划）、使库司（管理各地仓库）

兵部：军械厅（研究和制造各种军械）、后勤厅（管理军队后勤和军饷的发放）、使役厅（兵役的制定和推行、核定各地兵员数量）、屯垦厅（管理各地屯田以及建设兵团）

工部：水利厅（水利工程的建设和维护）、城建厅（城池的建设和维护）、道路厅（官道的建设和维护）、工坊厅（清查天下工坊数量，特殊时期协调工坊的生产）、研发司（研究各种生产器械）

商部：管理天下各地商会、协调各地商品流通，打击囤积居奇以及制定合理的售卖价格。

吏部：审查和考核官吏的升迁、清查各地官吏数量，保障功勋之臣的退休。

刑部：巡检厅（管理天下治安）、仵作厅（验尸）、侦讯厅（管理和侦破各类案件）。

礼部：管理天下教师、管理天下学堂、制定考试规则、制定庆典礼仪。

大理寺：最高司法机关。

监察院：审核各类案件以及犯人，根据犯人所犯案件制定罪名后移交大理寺审判。

御史台：监察天下官吏，弹劾失职官吏，若官吏触犯律法，移交监察院处置。

钦天监：观察各地天象，预警可能的天灾，制定历法。

律法寺：根据各部要求制定律法。

鸿胪寺：掌管外交以及对外情报搜集。